En los acontecimientos de mayo y junio del 2005, la población nuevamente de volcó a las calles. En esta oportunidad los hechos condujeron a la dimisión de Carlos Mesa G. Presidente de la República de Bolivia. El ITEI estuvo presente en las calles y fue una de las pocas instituciones que, con su ambulancia y su personal, atendió heridos de balines y afectados por el gas lacrimógeno en La Paz durante la represión a protestas populares.